Фильм повествует историю овдовевшей полевой мыши, миссис Брисби (Элизабет Хартман), которая пытается найти кого-то, кто поможет ей спасти её сына Тимоти (Ян Фрид). Тим болен пневмонией и из-за этого не может покинуть дом Брисби, иначе он погибнет под плугом во время весенней вспашки земли. По совету Большого Филина (Джон Кэридайн), Брисби обращается к крысам из NIMH, которые убежали из лаборатории, где люди ставили эксперименты по увеличению интеллекта крыс. Крысы помогают Брисби сберечь её семейство.